Powierzchnię około 800 tys. ha zajmują lasy, co stanowi 25,8% powierzchni całkowitej regionu. Na pojezierzach w części północnej i środkowej regionu występuje ok. 800 jezior, w tym 58% o powierzchni do 10 ha i 8% o powierzchni powyżej 100 ha. Największy zbiornik naturalny Wielkopolski to Jezioro Powidzkie (1036 ha) na Pojezierzu Gnieźnieńskim.